สถาบันกรุงเทพคริสตศาสนศาสตร์ มีวัตถุประสงค์ที่จะสนองความต้องการของคริสตจักรในประเทศไทยโดยเฉพาะการตระเตรียมผู้รับใช้พระเจ้าที่มีประสิทธิภาพซึ่งยังขาดแคลนอีกมากมาย ฉะนั้นทางสถาบันจึงได้กำหนดวัตถุประสงค์ไว้ดังนี้ เพื่อเสริมสร้างผู้รับใช้พระเจ้าให้เป็นผู้มีความสามารถในงานคริสเตียนศึกษา เป็นผู้ประกาศข่าวประเสริฐของพระเยซูคริสต์ และเป็นศิษยาภิบาลที่มีประสิทธิภาพ